Ο Συνεταιρισμός σκοπεύει να αξιοποιήσει τα πλεονεκτήματα του Καραγκούνικου προβάτου σε συνεργασία με το Κέντρο Γενετικής Βελτίωσης Καρδίτσας και τα εργαστήριά του, βάζοντας για τα επόμενα χρόνια τους παρακάτω στόχους:
- Την αναγνώριση του Αγροτικού Συνεταιρισμού Καραγκούνικων προβάτων ως επίσημο φορέα αναπαραγωγής καθαρής φυλής Καραγκούνικων προβάτων για την ανάληψη και εφαρμογή προγραμμάτων γενετικής βελτίωσης καθώς και την τήρηση των Γενεαλογικών Βιβλίων της φυλής σε όλη τη χώρα.
- Την αύξηση καθαρόαιμων ζώων αναπαραγωγής του πυρήνα για την διεύρυνση της βάσης επιλογής.
- Τη δημιουργία ανθεκτικών εκτροφών προβάτων Καραγκούνικης φυλής απαλλαγμένων από την τρομώδη νόσο που θα αποτελέσουν τους πυρήνες για τη διάθεση αρσενικών και θηλυκών ζώων με ανθεκτικό γονότυπο εντός και εκτός της φυλής συμβάλλοντας στην εξυγίανση των κοπαδιών.
- Την εφαρμογή Τεχνητής Σπερματέγχυσης σε όλα τα ζώα αναπαραγωγής του πυρήνα και την πραγματοποίηση Απογονικού Ελέγχου Καραγκούνικων Κριαριών με τη βοήθεια και τη συνεργασία των εργαστηρίων ελέγχου, αξιολόγησης, διαχείρισης σπέρματος και του ελέγχου πατρότητας των ζώων που θα λειτουργήσουν στο ΚΓΒΖ Καρδίτσας, επιτυγχάνοντας έτσι ακόμη μεγαλύτερη γενετική πρόοδο μέσω της αύξησης της ακρίβειας της επιλογής των ζώων αναπαραγωγής.
- Τη δημιουργία και χορήγηση ενιαίων σιτηρεσίων στα ελεγχόμενα πρόβατα ανάλογα με το παραγωγικό τους στάδιο.
- Την ανάλυση και αξιολόγηση των στοιχείων γάλακτος για την βελτίωση της ποιότητάς του.